Com a Real Ordenança de Intendentes de 1784, suprimiu-se o Corregimento de San Miguel e Piura passou a ser um dos partidos mais prósperos da Intendência de Trujillo, governado por um subdelegado. O censo de Gil de Taboada (1790–1795) e as crônicas do bispo Martínez Compañón retratam uma sociedade mestiça dominante, com comunidades indígenas em Catacaos e Sechura, população afro-peruana urbana e elites criollas latifundiárias como os Seminario, Fernald e Velásquez de Tineo.

Em 13 de novembro de 1741, em plena Guerra do Assento, uma esquadra britânica comandada pelo comodoro George Anson tomou de surpresa o porto de Paita, saqueou o cais e ateou fogo à povoação e aos templos. Os marinhos profanaram a capela mercedária e Anson desferiu uma estocada na efígie de Nossa Senhora das Mercês, cuja fenda ainda se conserva; a imagem chegou intacta à praia no dia seguinte. O episódio consolidou sua devoção e, séculos depois, ela foi declarada Padroeira das Armas do Peru.

Sem veios minerais, a economia piurana vice-reinal girou em torno dos algarrobais para a criação de cabras e seus derivados, como estudou Susana Aldana Rivera. Nas «tinas de sabão» e curtumes do norte da cidade — primeiro polígono industrial de Piura — fundia-se o sebo e processava-se o couro caprino em afamados «cordovões». O sabão abasteceu Huancavelica e Potosí, e os cordovões eram remetidos ao Callao e ao Panamá por cabotagem.

Em 11 de novembro de 1587, o vice-rei Conde del Villar ordenou o traslado definitivo à bacia baixa do rio Piura; o capitão Juan de Cadalso Salazar escolheu o paraje boscoso de El Chilcal, em Tacalá. A fundação formal consumou-se em 15 de agosto de 1588 com o repartimento solene de solares e a constituição do cabido, conservando-se a ata notarial original. O sítio oferecia água doce abundante, solos aluviais, microclima ameno graças aos algarrobos e resguardo frente ao mar: é a Piura atual.

Cerca de 1572–1578 a população estabeleceu-se na baía de Paita para beneficiar-se do comércio marítimo com o Panamá. O local carecia de água doce, que devia ser trazida em jangadas desde Colán ou o Chira, e era extremamente vulnerável: Francis Drake o assediou em 1579 e em 1587 Thomas Cavendish desembarcou com artilharia, saqueou os armazéns fiscais e reduziu a cinzas as moradias e igrejas de madeira e cana, forçando a evacuação total.

No final de 1534, por ordem de Diego de Almagro ratificada por Pizarro, a vila foi reubicada no Alto Piura, no paraje de Monte de los Padres, junto às terras do cacique Señor de Piura (atual distrito de La Matanza). Ali floresceu por quatro décadas com traça regular, Praça Maior e Igreja Maior, segundo revelaram as escavações da Universidade de Piura e da Politécnica de Madri. Por volta de 1570 o colapso dos lençóis freáticos, as flutuações climáticas e o «mal de olhos» tornaram insustentável o assentamento.

Em sua terceira expedição, Francisco Pizarro estabeleceu um acampamento no vale do Chira e fundou a primeira urbe europeia do Pacífico sul-americano na aldeia tallán de Tangarará. A historiografia debate sua data — Maticorena propôs 15 de julho e Del Busto 15 de agosto de 1532, data adotada oficialmente — pelo desaparecimento da ata primigênia. Pizarro repartiu solares, fincou o pelourinho da justiça, instituiu o primeiro cabido e deixou como tenente de governador Sebastián de Benalcázar. O sítio revelou-se insalubre: malária, calor e hostilidade indígena forçaram seu abandono.